Foi fundada oficialmente em 17 de junho de 1985 por pais de crianças autistas residentes no Rio de Janeiro.

A idéia foi do engenheiro Pedro Paulo Rocha, cuja filha sofria de um distúrbio que, até ela completar nove anos, não havia sido disgnosticado, apesar da peregrinação por dezenas de consultórios médicos. O diagnóstico foi feito pelos próprios pais, após terem assistido o filme Meu filho Meu mundo, e confirmado após contatos com entidades nos EUA.

Após a publicação de um anúncio num jornal, alguns pais se reuniram e aprovaram a proposta de criarem uma associação com o propósito de reverter o desconhecimento desta síndrome e do quadro de desinformação reinante no Brasil. Até então, o comportamento anômalo destes pacientes era atribuído, equivocadamente, a um "encapsulamento" devido a bloqueios emocionais.

Com a fundação da APARJ, passou-se a realizar encontros, debates, seminários e distribuir folhetos com informações recebidas do Autism Research Institute, do NAS (National Autistic Society) e da ASA (American Autistic Society).

Encontramos muitas reações contra a etiologia orgânica do autismo, por parte dos psicanalistas. Um dos primeiros êxitos da APARJ foi conseguir trazer o Dr. Edward Ritvo, da UCLA, ao Brasil, que apresentou palestras no Rio de Janeiro e em São Paulo, contestando as idéias psicanalíticas.

Participamos da fundação da ABRA - Associação Brasileira de Autismo - com sede em Brasília e, em março de 1989, foi promovido, com grande sucesso, o I Congresso Nacional de Autismo, em Brasília.

A partir de então, inúmeros tem sido os eventos realizados, inclusive um Congresso Internacional. Contudo, os psicanalístas não desistem, e ainda promovem, de quando em quando, alguns debates infelizes, insistindo na idéia absurda de que o autismo tenha etiologia emocional.