Il Lima è un torrente a vocazione salmonicola, infatti la popolazione ittica è rappresentata quasi esclusivamente da trote fario e vaironi per tutto il suo corso; solo nella parte bassa, a valle della diga di Giardinetto, sono state rilevate presenze sporadiche di anguille e barbi, chi fa da padrone in questo tratto è il cavedano.
Lo scazzone, indice di ottima qualità delle acque, è presente solo nella parte alta, vicino alle sorgenti. Diffusi lungo tutto il corso e negli affluenti, i gamberi d'acqua dolce (Astacus fluviatilis) che, contrariamente all'opinione comune, non sono indice attendibile di qualità delle acque.
I continui ripopolamenti effettuati dalle amministrazioni lucchese e pistoiese con ceppi di incerta provenienza hanno contribuito a diminuire le doti di rusticità e resistenza alle malattie.Sempre a proposito di certi ripopolamenti, in passato fu introdotto il salmerino di fontana (Salvelinus fontanilis) nel Sestaione e nella parte alta della Lima; fortunamente non è riuscito ad attecchire e riprodursi, scomparendo completamente. Il rischio è stato enorme infatti le arteficiose condizioni di competizione alimentare avrebbero portato alla scomparsa di una delle specie.
Le catture di taglia elevata (35/40 cm) sono limitate al tratto compreso fra la confluenza del Limestre e Ponte Lucchio e a valle del Bacino di Giardinettto fino a Bagni di Lucca, sebbene la quasi totalità delle catture non superi la ridicola misura di 22 cm. Ormai le trote di 35 o 40 cm sono dei trofei; la misura minima, la quantità di trote prelevabili, il bracconaggio, fanno in modo di limitare enormemente le potenzialità di questo meraviglioso torrente.
