Aunque a menudo es posible el obtener fracciones lo suficientemente pequeñas para que la señal del detector sea la debida solamente a un compuesto, el dato cuantitativo que nos proporciona esta técnica a menudo no es del todo fiable debido a las superposiciones de algunos compuestos y a las altas interferencias o ruidos de fondo en el cromatograma. A pesar de la incompleta separación, existen varios métodos que determinan un sólo compuesto en fracciones de columnas de alúmina o sílice, usando espectrofotometría. También se utiliza la fluorimetría con este mismo fin, es decir, el identificar un compuesto en una mezcla de varios. Por ejemplo, Gladen (1972) utilizó una separación en columna cromatográfica con Sephadex LH 20 y una posterior detección con espectrofotometría UV para determinar 12 HAP en el escape de los automóviles.

Sin embargo, la cromatografía en columna ofrece una pobre resolución en comparación con otros, por lo que esta técnica no se utiliza de cara a la obtención de un cromatograma final; existen otros métodos más adecuados.