E’ chiamata anche Chiesa dei Disciplini perché alla Confraternita dei Disciplini di Lonato essa venne concessa nel 1505. Essi provvidero a sistemare e restaurare la chiesa, arricchendola di molte opere.

 I primi interventi furono dedicati alla facciata e al portale, così come oggi li vediamo. Nel 1576 fu costruito il campanile.Varcata la porta d’ingresso si presenta subito una ripida scalinata che porta al piano della chiesa.

 La navata rettangolare presenta un insieme armonico impreziosito da dipinti e stucchi di grande interesse. A destra dell’altare si accede alla grande e solenne sala dove i Disciplini tenevano le loro adunanze.

Di fronte si eleva la cassa dell’organo, opera molto raffinata dell’architetto Gio. Batta Piantavigna, compiuta nel 1602, che aveva un organo di Costanzo Antegnati sostituito, alla fine del 1800 da uno strumento del Tonoli.

A metà navata ci sono due cappelle, a sinistra quella dedicata alla Trinità, con una pala del pittore bresciano Francesco Paglia, che, nel 1703, sostituì altra precedente andata perduta. A destra quella di S. Michele dove era collocato la meravigliosa pala, commissionata nel 1595 al pittore bresciano Pietro Marone, trafugata nel gennaio del 1983.

Subito accanto alla cappella orba dell’arcangelo S. Michele, ben protetta da una robusta inferriata, si può ammirare la saletta del Sepolcro che i Disciplini commissionarono nel 1593. Le preziose statue lignee raffiguranti il Cristo morto, la Maddalena, S. Giovanni e le donne furono scolpite da Valentino Bolesini di Verona e dipinte da Pietro Maria Bagnadore.
Dopo la soppressione della Confraternita dei Disciplini, nel 1798, la chiesa è passata nel patrimonio amministrato dall’Ospedale di Lonato.