Luego de que las Sailor scouts sacrificaron sus vidas por terminar con la Reina Beryl y el Negaverso; éstas vuelven a revivir pero ninguna tiene recuerdos de lo que sucedió, así que no se conocen. Luna y Artemis se encargan de volver a reunirlas y esta vez el enemigo son dos seres del espacio: Alan y Ann, que adoptan la identidad de alumnos del colegio en el que estudia Serena.

El árbol de la oscuridad, les dio la vida a Alan y Ann y ellos son los únicos sobrevivientes de su especie, pero el árbol está muriendo y ya no puede alimentarlos de energía. Alan cree estar enamorado de Serena y Ana siente lo mismo por Darien, sin darse cuenta de que ellos son el uno para el otro. Sailor Moon les hace comprender que ellos deben estar unidos. Luego de la batalla Alan y Ann se van muy lejos para cuidar con todo su amor lo que quedó del árbol.
   Días después, Serena y Darien dan un romántico  paseo, cuando una niña de pelo rosa cae del cielo, ella se hace llamar también Serena o Rini y dice que es prima de Serena Tsukino, una prima que Serena jamás había visto. Rini viene escapando de Black Moon un grupo de villanos comandados por el príncipe Diamante, que desea el cristal de plata. Pero Rini no viene sola, siempre trae consigo su "Luna Pelota"mágica.  Esta vez las Sailor Scouts deben proteger a Rini de la amenaza de Black Moon. Sin imaginarse que esta misteriosa niña es la hija, en el futuro Tokio de cristal de Serena y Darien.
   En esta serie aparece por primera vez Sailor Plut, guerrera de la puerta del tiempo, quien advierte a las Sailor sobre su deber de proteger a la pequeña dama. Fue Sailor Pluto quien dejó viajar a la pequeña dama al siglo XX.
Las primeras en entrar en acción son las cuatro Hermanas de la persecución, quienes tienen ordenes de Rubeus de atrapar a Rini o al "conejo", como ellos la llaman.
Luego de varios enfrentamientos entra las Sailor scouts y las hermanas de la persecución, es Karmesite quien se da cuenta que debe cambiar su forma de vida y gracias a Sailor Moon, cambia a una Karmesite bondadosa. Luego le sigue Berjerite, quien junto a Karmesite, quiere hacer recapacitar a sus otras dos hermanas, y ahora ambas son muy buenas amigas de las chicas. Finalmente las Sailor scouts  logran el cambio en Petzite y Kalaberite y luego tienen una feroz batalla en una nave contra Rubeus, donde éste fallece. Para sustituir a Rubeus llega Esmeralda, encargada ahora sin las hermanas de la persecución, de terminar con las scouts.
   Más adelante, las sailor scouts viajan al futuro donde tendrán un enfrentamiento con el príncipe Diamante, Zafiro, Esmeralda y el Gran Sabio. Este último, manipulaba con sus poderes la mente de Diamante y controlaba sus actos a su conveniencia;pero es muy tarde cuando se da cuenta. El gran Sabio, también manipula la mente de Rini, haciéndole creer que nadie la quiere, mucho menos sus padres. Es así como la transforma en Black Lady una hermosa mujer que luchará contra las Sailor Scouts.
 Luego de que el príncipe Diamante, quien deseaba tener el amor de Sailor Moon, es engañado por el gran Sabio y muere en los brazos de Sailor Moon a quien había secuestrado para que fuera su soberana reina. También Zafiro quien había cambiado para bien y encontraba el amor sincero de Petzite, muere en manos del gran Sabio, al igual que Esmeralda.
   Ahora el principal enemigo de las Sailor Scouts es el gran Sabio y deben terminar con él, aunque tengan que tratar con la misma muerte.