La Tierra y sus Colonias están en paz y han constituido un nuevo gobierno mundial,  que prácticamente se ha desarmado a sí mismo y ha destruido a casi todos los mechas; los pilotos de los Gundams los han enviado en un asteroide hacia el sol para que se destruyan. Un año ha transcurrido desde la muerte de Treize y la desaparición de Zechs.

Pero surgen los problemas. Relena, ahora vice-ministro de la Nación Unida Global de la Tierra, es capturada durante su visita a una de las colonias por la Fundación Barton, dirigida por la siniestra niña prodigio Mariemaia Barton, nieta del antiguo jefe de la Nación Mundial, y que tiene los mismos planes de conquista que su abuelo.

Lucrezia Noin y Sally Po, antiguos miembros de OZ y que ahora forman parte de la  Agencia de Inteligencia del gobierno, dirigida por Lady Une y llamada Preventer, han descubierto que esa colonia es una fábrica encubierta de nuevos mechas. Mariemaia declara la guerra a la Nación Unida Global de la Tierra y los Gundams son recuperados por los pilotos para luchar contra ella. Y... ¿adivinen quién regresa del olvido para convertirse en un agente de la Preventer?

Pues sí, Zechs Merquise. Zechs toma el nombre código Wind y regresa a luchar hombro a hombro  junto a su vieja amiga Noin, que ahora es Preventer Fire, contra las amenazas de Dekim Barton de hacer caer las colonias espaciales a la Tierra. Pero aunque Zechs destruye el asteroide rebelde con el devastador mega cañón de su robot, las fuerzas de Mariemaia han llegado a la capital del gobierno.

Zechs y Noin enfrentan a las fuerzas invasoras, siendo después apoyados por tres Gundams, pero se ven abrumados por ellas. Entonces aparece Heero, con el dañado Gundam Wing Zero, y bombardea el búnker en el que se encuentran escondidos Dekim y Mariemaia con la capturada Relena, hasta que la última barrera cae. La gente marcha en masa hacia el búnker, convocados por Relena a luchar ellos mismos por la paz.

Dekim es asesinado y Mariemaia herida, y sus fuerzas se rinden, sus uniformes y armas son quemados. Los pilotos de los Gundams los autodestruyen para contribuir al desarme.

Todos regresan a la vida normal... y Zechs se apunta con la Preventer, para ayudar a Noin y a Sally a mantener la paz.

Al fin, la paz...