Aquí comienza nuestra historia, después de esta cruel época cuando el Gobierno Imperial ya estaba establecido, el país estaba algo mas calmo, se habían prohibido el uso de las katanas (espadas largas) para tratar de contener la violencia e impedir futuros ataques y  matanzas.
En una de las casas de Tokyo, el Dojo-Kamiya, vive una joven de 17 anos, Kaoru Kamiya, y enseña la técnica Kamiya en aquél Dojo. Junto a ella viven dos pequenas niñas, Suzume y Ayame.
Un día encontraron a Kenshin Himura, un presunto vagabundo que estaba vagando por Japón tratando de traer el bien y huir del pasado que lo atormentaba. Aquel personaje tenía una tremenda cicatriz en la mejilla izquierda, una enorme X.
Kaoru acoje a este vagabundo y le da un espacio en su casa para que se quede, a cambio de que el las protejiera y le ayudara a mantener al Dojo, ya que se había dado cuenta de que tenía una katana y era muy hábil con ella.
Resulta ser que  este chico de 28 anos, Kenshin Himura, con su mirada calma e inofensiva era el temido Battousai Himura que estaba tratando de curar y olvidar su pasado renunciando al título de destajador y peleando por el bien, con su katana dada vuelta, es decir, con el filo hacia él.
Así comienza ésta historia donde se unen diversos personajes más, los cuales ayudarán a Kenshin a pelear por el bien y asi construir un Japón mas tranquilo...