-1858-
Una epidemia llega al pueblo donde viven Shinta y sus padres, y estos mueren, dejando huerfano a Shinta. Este es recogido por traficantes de esclavos.

-1859-
Una banda de asesinos mata a los traficantes de esclavos. Durante el enfrentamiento, Hiko Seijuro, treceavo heredero de la Escuela Hiten Mitsurugi salva a Shinta y lo lleva con el, visto el coraje del niño. Lo nombrara heredero y sucesor de su escuela y lo rebautiza con el nombre de Kenshin (que significa "corazon de la espada") ya que considero que Shinta era un nombre demasiado suave para un guerrero.

-1863-
Con catorce años, Kenshin pide permiso a su maestro para partir, pero este se lo niega, alegando que debe concentrarse solo en su entrenamiento. Kenshin discute con su maestro y parte igualmente. Conoce a Kogoro Katsura y a Shinsaku Takatsugi durante el reclutamiento de voluntarios para luchar contra el shogunato Tokugawa; estos formaran un grupo de elite, los Kiheitai. Kenshin va a Kyoto junto a Kogoro Katsura y Takatsugi. Estos aprovecharan la habilidad de Kenshin para asesinar a ciertos miembros del gobierno claves para propiciar el advenimiento de la nueva Era por la que luchan. Asi se gana Kenshin el nombre de Hitokiri Battousai y Kogoro decide que forme parte de los Ishinshishi, la guardia de elite del grupo Meiji. Kogoro se arrepiente de haber utilizado a Kenshin para estos propositos, ya que considera que va a arruinar la vida del chico.

-1864-
Durante la mision de asesinar al administrador de Kyoto (Jubei Shigekura), Kenshin mata a uno de los guardianes de este, Akira Kiyosato, quien consigue alcanzarle y cortarle en la mejilla (la primera parte de la cicatriz). Antes de morir, Kiyosato intenta pronunciar el nombre de su prometida. Seis meses mas tarde, Kenshin empieza a recapacitar sobre la serie de asesinatos  que ha cometido y resuelve que esto no desemboca en la paz que el desea.
Tomando sake en una taberna conoce a Tomoe, una misteriosa mujer que siempre esta triste y de la cual se enamora. La taberna es atacada por un hombre a quien ellos llaman el Lobo de Mibu y por los Shinsegumi; tras este ataque la taberna queda completamente destruida. No estaban Kenshin ni Tomoe y un guardia que pudo escapar les informa. Por consejo de Iidzuka, Kenshin marcha con Tomoe. Kenshin se casa con Tomoe y viven juntos durante un tiempo, en el que Kenshin se olvida del campo de batalla. Enishi, el hermano de Tomoe (que es casi un niño), aparece con la intencion de llevarse a su hermana y alejarla de Kenshin. Dias mas tarde Tomoe es raptada y durante el rescate, cuando Kenshin lucha contra el ultimo enemigo, Tomoe se interpone entre ellos y muere atravesada por la espada de Kenshin... delante de Enishi que desde ese dia guardara un profundo rencor hacia Kenshin. Tras recibir la herida mortal, Tomoe deja caer su arma , que resbala sobre la mejilla de Kenshin, provocandole la segunda herida que formara la famosa cicatriz en forma de cruz. La muerte de Tomoe derrumba moralmente a Himura.

-1865-
Dos semanas despues, leyendo el diario de Tomoe, Kenshin se da cuenta de que Kiyosato Akira era el antiguo prometido de Tomoe, y tb el guardia que el mato durante una de sus misiones. Saber que los ha matado a los dos y fue el quien provoco la tristeza de Tomoe desde el principio, fue demasiado para el.
Aun asi, volvera a luchar al lado de los Ishinshishi y tendra su primer encuentro con dos personajes que jugaran importantes papeles posteriormente; son Shishio Makoto y Saitoh Hajime.