Pan-arabismista - kaikkien arabikansojen ja -valtioiden yhdistämiseen pyrkivä liike - tuli modernin Baath - puolueen kulmakivi, ja se huipentui Egyptin ja Syyrian välisen epäonnistuneeseen "pan-arabialaiseen" valtioon, Yhdistyneeseen Arabitasavaltaan (YAT). Egyptin presidentin, Gamal Abdel Nasserin perustama YAT saavutti jopa tiettyä kansallismielistä tukea vainotuilta kommunisteilta sekä Muslimiveljeskunnan islamistiselta liikkeeltä. Amerikkalaisen Lähi-idän tuntijan Martin Kramerin mukaan "maallinen pan-arabismi koki äkillisen lopun arabien kärsittyä nöyryyttävän tappion Israelia vastaan vuosien 1967 ja 1973 sodissa, ja lopulta se haudattiin Egyptin tunnustettua Israelin ja tehtyä rauhansopimuksen sen kanssa vuonna 1979. Virallisesti arabien ja Israelin välinen sota oli ohi."
 
Palestiinan Vapautusjärjestö PLO muodostettiin pan-arabialaisen liikkeen suosion ollessa huipussaan vuonna 1964, yhteistyönä Gamal Nasserin ja Neuvostoliiton välillä. PLO nousi hyvin näkyväksi pan-arabismin kuoleman jälkeen ja tämä johti uudenlaisen konfliktin alkuun - palestiinalaisten ja Israelin väliseen sotaan. Yasser Arafatin maallisessa ohjauksessa PLO yritti ylläpitää jatkuvaa terrorismin aaltoa ja uuvuttaa Israelin väestön, samalla riistäen kansainvälisellä tasolla Israelin juutalaisvaltiolta laillisen oikeuden olemassaoloon. Lietsoakseen vihamielisyyttä Israelia vastaan ja jarruttaakseen islamistisen Hamas-liikkeen suosion etenemistä, Arafat avasi moskeijat ääri-islamismille koko palestiinalaisalueella. Näissä alettiin siten kilpailla Hamasin kanssa ja saarnata pyhää sotaa Israelia ja juutalaisia vastaan.
 
Vaikka PLO:n peruskirja ei sisällä sanaa "Jumala", niin Martin Kramerin mukaan "Israelin vastustamisessa on aina ollut mukana islamistinen komponentti, mutta se on perinteisesti ollut sivuroolissa - ensin antamassa tukea arabivaltioille, sitten PLO:lle". On ironista, että vaikka
nämä kaksi palestiinalaista liikettä ovat toistensa ideologisia vastustajia, niillä on sama ideologinen tavoite: sionistisen yhteisön poistaminen muslimien maaperältä. Maallistuneille tämä merkitsee paluuta pan-arabismiin, joka päättyi Sadatin mukana. Islamisteille se merkitsee muslimien maan puhdistamista ja askelta kohti Kalifaatin paluuta. Joka tapauksessa Yasser Arafat oli tietyssä määrin vastuussa palestiinalaishallinnossa tapahtuneesta ääri-islamismin noususta, joka lopulta otti johtavan roolin kiistassa Israelin kanssa.
 
Pan-arabismin epäonnistumisen, molempien kansannousujen tappion, Arafatin kuoleman ja Fatahin taantumisen  myötä uusi Lähi-idän konfliktin muunnos on noussut eturintamaan. Hamas, joka on palestiinalainen versio Muslimiveljeskunnasta, on tehnyt islamistisesta agendastaan Israelin vastaisen taistelun keskipisteen. Konfliktin ei voi enää sanoa olevan pelkkä poliittinen kilpailu kahden osapuolen välillä. Palestiinalaiset katsovat nyt konfliktia islamistisen ääriajattelun lasien läpi, ja siinä voitot saavutetaan ennen kaikkea islamille, ei arabeille tai palestiinalaisille. Israelin puolella konfliktille on tyypillisesti nähty pessimistisen realismin pohjalta - tämä on ollut Ariel Sharonin politiikan kulmakivi irtauduttaessa palestiinalaisista.
 
Israelin irrottautumispolitiikka, jota nyt tarkastellaan uudelleen jatkuvan väkivallan johdosta, tulisi ymmärtää yleisenä vastauksena islamistiseen ääriliikehdintään. Se heijastaa käsitystä, jonka mukaan islamismi on suvaitsemattomana ideologiana kyvytön kompromisseihin ja yhteiseloon  läntisen moraalin ja läntisten käsitysten kanssa. Tällainen ideologia on perinteisesti pannassa Euroopassa, sillä se ei vastaa eurooppalaisten läntisiä arvoja. Tällaisen ideologian omaava organisaatio ei ansaitse tunnustusta eikä EU-rahoitusta, riippumatta siitä millaista roolia se näyttelee "yhtenäishallituksessa". Jos ei saada konkreettista todistetta siitä, että Hamas tuomitsee väkivallan, hyväksyy Israelin oikeuden olemassaoloon ja hyväksyy aiemmin allekirjoitetut sopimukset, ja jos ei näiden kolmen ehdon hyväksymistä harkita vakavasti uudessa hallituksessa ja Hamasissa itsessään, toivoa edistyksestä ei juurikaan ole. Mutta tärkeintä on, että EU ensin tunnustaa palestiinalaisten valinneen islamistisen ratkaisun konfliktiin Israelin kanssa. Tämä edustaa viimeisintä Lähi-idän konfliktin muunnosta.