A enorme popularidade do Pastor Alemão fez com que houvesse muitos cruzamentos inadequados, gerando animais com propensão ao desenvolvimento de Displasia (uma deformação das articulações de bacia que podem deixar o animal com graves sequelas antes mesmo de terminada a fase de crescimento - veja mais sobre a displasia na seção Dicas de Saúde).

Podem eventualmente ocorrer problemas de aprumo, desenvolvidos por cruzamentos inadequados e/ou alimentação pobre em vitaminas e cálcio.

Por causa de seu pelo longo, está sujeito a dermatites, que podem ser facilmente sanadas com o uso de shampoos apropriados.

Se são criados em lugares de piso liso, os Pastores podem desenvolver problemas nas patas, que se curvam para dentro (os chamados "jarretes de vaca".)

Outro detalhe a ser observado é a chamada "Torção Gástrica", comum a cães com tórax profundo e que faz com que o animal retenha gases no seu interior devido a uma rotação do estômago. Como medida preventiva, basta alimentar seu cão em uma vasilha mais elevada.