Exitem diferentes teorias sobre as origens do Pastor Alemão: alguns dizem que a raça foi resultado do cruzamento entre diversas raças de cães pastores na Alemanha; outros dizem que foi o resultado espontâneo do cruzamento de cadelas pastoras e lobos.

De qualquer modo, o crédito pelo desenvolvimento da raça costuma ser dado a um criador, o capitão Max von Stephanitz na cidade de Karlsruhe(Alemanha), onde, a partir de 1899 adoptando um processo rigoroso de selecção nos cruzamentos - onde somente os melhores cães eram utilizados - conseguiu alcançar o padrão da raça. Até hoje, é esse padrão original que orienta a criação do Pastor Alemão e garante o desenvolvimento da criação.

Max von Stephanitz afirmava que todas as raças de pastores da Alemanha eram descendentes do Hovawart, cão da Idade do Bronze. Como tinha em mente um cão perfeito e de múltiplas funções, seleccionou e entrecruzou diversas raças de pastores, obtendo, no início do século, o Pastor Alemão que todos conhecem hoje, E não existe trabalho realizado por qualquer raça de cão onde o Pastor Alemão não tenha sido empregado com sucesso: cão de guarda, de ataque, de defesa e combate, de guerra, de polícia, de resgate, de salvamento, de alfândega, guia para cegos, etc.

A raça começou sua expansão pelo mundo após a 1ª Guerra Mundial, quando alguns exemplares foram levados da Alemanha para a Inglaterra. Nesta época, no entanto, era conhecido pelo nome de Pastor da Alsácia, uma vez que considerava-se inadequado que o nome da raça pudesse invocar a lembranças da guerra contra a Alemanha. Apenas em 1931 o Kennel Clube da Inglaterra autorizou que a raça voltasse a ser conhecida como Pastor Alemão.