Entre sus obras se cuentan montones de poemas galantes, poemas de ocasión para regalos o cumpleaños de sus amigos, poemas de vestíbulo sobre pies o consonacias sugeridos por otros, letras para cantarse en diversas celebraciones religiosas, y lo dicho, dos comedias llamadas "Amor es más laberinto" y "Los empeños de una casa". Según ella casi todo lo escrito era por encargo y la única cosa que escribió por gusto propio es un poema filosófico llamado "El sueño", que muchas veces se edita bajo el título de "Primer sueño". Se trata de una alegoría de varios cientos de líneas, con forma de silva, a propósito del ansia de saber, el vuelo del pensamiento y su consecuente trágica caída (acaso premonitorio de Frankenstein). Sor Juana también escribió un tratado de música, llamado "El Caracol", que está perdido.
El estudio sobre Sor Juana de más autoridad fue escrito por Octavio Paz, y se titula "Sor Juana Inés de la Cruz o las trampas de la fe" que edita el Fondo de Cultura Económica. Se trata de un tabique de unas quinientas páginas que debe leerse como quien come pescado, ya que el estilo grandilocuente de Paz a veces hace pasar por buenas algunas ideas que no son sino sandeces. Es un estudio amplio y bien documentado, si bien de rigor desigual. Paz, por considerarse ensayista, a veces se excusa de fundamentar sus propuestas y a veces llanamente alucina barato; la mayor parte del tiempo, sin embargo, echa la luz de su mirada literaria sobre la oscuridad histórica del retrato de Sor Juana y de su tiempo.
La editorial Porrúa publica las obras completas de Sor Juana en un práctico volumen de la colección "Sépan cuántos...", el célebre número 100, desnudo, sin aparato académico que abulte salvo un sobrio y breve estudio preliminar.
Barroca hasta el tuétano, Sor Juana era muy dada a hacer retruécanos, a verbalizar sustantivos y a sustantivizar verbos, a acumular tres adjetivos sobre un mismo sustantivo y repartirlos por toda la oración, y todos esas libertades gramáticas que estaban de moda en su tiempo. Por ello, y porque también gustaba mucho de hacer referencias mitológicas que actualmente caen fuera de la cultura general de las gentes, su lectura es bastante escabrosa para el ciudadano de a pie. Una repasada a La Metamorfosis de Ovidio será de mucha utilidad a quien quiera disfrutar de Sor Juana y quedarse con menos dudas.
Un dato adicional: Sor Juana aparece en los billetes mexicanos de alta denominación. Es la única artista que aparece en los billetes, aparte de Nezahualcóyotl, también poeta. Inicialmente apareció en los billetes de mil pesos, que con la inflación terminaron volviéndose monedas. Después del recorte de los tres ceros al peso, Sor Juana salió de circulación brevemente, para reaparecer en los billetes de doscientos.