A característica mais importante dos sistemas lagunares, como zonas de transição entre o meio terrestre e marinho, é a sua elevada produtividade, normalmente bastante superior à das zonas de água doce e salgada adjacentes, que permite a exportação para o mar de energia excedentária. Na realidade, estas zonas constituem meios de recepção de material de origem terrestre, mineral e orgânica, que aí sofre complexas transformações conducentes à reciclagem e libertação de nutrientes; ao mesmo tempo que a sua escassa profundidade permite que a luz atinja frequentemente o fundo, determinando uma grande riqueza, e consequentemente uma actividade acentuada, que envolve tanto os organismos vegetais dependentes do fundo (o chamado "fitobentos") como as algas de pequenas dimensões que vivem na coluna de água (o "fitoplâncton"). Este aumenta regularmente desde o ponto de entrada de água do mar até às zonas mais interiores.

Em torno das lagoas formam-se habitualmente, para jusante, sapais de garndes ou pequenas dimensões, enquanto na zona de transição para águas mais doces é frequente encontrar-se, nos níveis mais elevados, matas de tamargueira, aparecendo o juncal nos níveis mais inferiores. A vegetação subsequente depende essencialmente das variações de salinidade: primeiro surge um juncal bastante diverso e variável, onde abunda a grama; mais para o interior é frequente encontrar-se um agrupamneto vegetal dominado pelo castanho. Nas zonas permanentemete cobertas pelas águas salobradas abunda o famoso moliço, constituido fundamentalmente por algas. Nas zonas de água doce desenvolvem-se manchas de vegetação que incluem matas ribeirinhas de amieiros, freixos, salgueiros ou ulmeiros. Nas cotas imediatamente inferiores encontra-se uma formação de caniçais, tábuas e espanada, e a que se segue uma nova cintura vegetal denominada pelo bunho. Em zonas permanentemente cobertas pelas águas, encontra-se vegetação tipicamente aquática, com golfões e lentilhas-de-água.

Dada a riqueza das lagunas, teias alimenteres com origem na água (quer sejam eminentemente detritívoras quer se baseiem na elavada produção primária existente) são aqui constítuidas por importantes efectivos de numerosas espécies de aves, ao passo que outras as utilizam como apoio ás rotas de migração, durante o seu vôo outonal para África. Dentro deste quadro, os caniçais, formados pelo caniço, uma gramínea com um ciclo de crescimento do tipo anual, cuja parte aérea atinge com facilidade um altira de mais de três metros, merecem paraticular relevo pela sua grande riqueza biológica. No seu interior forma-se um microclima caracterizado por valores médios de temperatura e humidade do ar sensivelmente mais elevados que nas regiões envolventes, uma vez que a grande densidade de indivíduos faz com que as acções do vento e da radiação solar se sintam de uma forma acentuada, facilitando assim a fixação de numerosas espécies animais. Os insectos são aqui particularmente abundantes, em especial durante a estação quente, e constituem um elemento de grande importância na ecologia dos caniçais; pelo que não é de admirar que grande parte das espécies de aves que aí se encontram como nidificantes, migradoras ou mesmo residentes, sejam essencialmente insectívoras.

Lagunas costeiras são zonas deprimidas, abaixo do nível médio de preia-mar de águas vivas, com comunicação efémera ou permanente com o mar, do qual estão protegidas por um tipo qualquer de barreira. Apesar de grande parte das lagunas se posicionar com o eixo maior paralelo ao litoral, nos locais onde vales fluviais foram inundados como consequência da subida do nível do mar durante o Holocénico ou onde pequenos estuários foram bloqueados por pequenas barreiras, elas situam-se perpendicularmente ou obliquamente à linha de costa.

Uma vez formados, o comportamento evolutivo dos sistemas lagunares é fortemente condicionado pela variação dos níveis do mar e pela quantidade de sedimentos disponíveis, a qual é responsável não só pelo assoreamento na laguna como pela evolução da barreira.

A origem dos sedimentos que colmatam as lagunas é diversa, provindo estes essencialmente de três fontes principais:

- uma fonte marinha, entrando os materiais na laguna essencialmente através da barra de maré e por episódios de galgamento; os sedimentos com esta origem, ficam restritos às proximidades da embocadura sob a forma de deltas de enchente activos ou bancos de areia que derivam de deltas de enchente desactivados e de porções distais de depósitos de galgamento. Como as lagunas de Óbidos, Albufeira, Melides e Santo André têm dominância de enchente (ou seja, a duração da enchente é inferior à da vasante e por isso a sua velocidade é maior), esta tem maior capacidade de transporte e os sedimentos, uma vez veiculados através do canal para o interior da laguna, só em parte voltarão a sair, tendo como consequência o assoreamento;

- uma fonte continental, através da descarga das linhas de água que drenam as lagunas, da erosão e escorrência directa das margens e do transporte eólico; os materiais mais grosseiros depositam-se em leques aluviais na foz das ribeiras e nas margens lagunares, sendo os materiais mais finos transportados em suspensão e depositados a maiores profundidades; obtém-se, assim, uma organização sedimentológica de forma concêntrica, com os materiais essencialmente arenosos na zona da embocadura lagunar e nas margens e os sedimentos essencialmente vasosos nas zonas centrais, mais profundas;

- uma última fonte deriva da actividade química e biológica da laguna; este tipo de sedimentos formam-se por precipitação química, tais como carbonatos e evaporitos ou pela acumulação de matéria orgânica. De forma natural, as lagunas costeiras, mais ou menos rapidamente, transformar-se-iam em pântanos, se a mesma tendência de subida eustática e regime sedimentar se mantiver. No entanto, a intervenção antrópica, que por um lado acelera o processo de assoreamento através de intervenções na bacia hidrográfica que conduzem a uma maior produção de sedimentos (desflorestações, por exemplo), por outro inverte a situação ao intervir nas lagunas através de dragagens efectuadas para aumentar a sua profundidade, prolongando a sua vida.

As lagunas costeiras, sistemas de transição entre os domínios oceânico e terrestre, são ambientes complexos pela multitude de factores aí actantes e interdependência entre eles. Inegavelmente consideradas áreas de grande riqueza económica e de valor social e ecológico notável, têm sido, nos últimos anos, alvo de preocupações crescentes quer por parte das autoridades locais, quer por parte das organizações ambientalistas, quer por parte da comunidade científica. No entanto, as soluções encontradas para os diversos problemas que enfrentam, nem sempre são as mais adequadas porque raramente bem fundamentadas em estudos especializados. A conscencialização de que as potencialidades destes ambientes apenas podem ser correctamente avaliadas e utilizadas com um conhecimento profundo não só dos processos actuais que aí operam mas igualmente do seu comportamento evolutivo, tem conduzido a um interesse crescente por estas áreas, que esperamos se intensifique no futuro imediato.