O Programa Universidade Solidária tem limitações inerentes à sua concepção: é um programa vertical elaborado a nível central como um pacote que pode se amoldar a qualquer realidade local. A principal forma de atuação sugerida por Brasília consistia em vídeos sobre Saúde Materno-infantil, Primeiros Socorros e Adolescência (este aliás de utilidade duvidosa). Entretanto, a Pró-Reitoria de Extensão e as equipes locais puderam superar esses empecilhos e ir além do que estava estabelecido.
Podem ser apontados como pontos positivos o caráter multidisciplinar da atuação e o apoio de órgãos como CNPq e CAPS em uma atividade de extensão. Como pontos negativos são colocados a concepção vertical do programa, seu caráter pontual (isto é, o município só foi acompanhado durante três semanas, tempo insuficiente para se estabelecer uma intervenção concreta ou mesmo avaliar o impacto da atuação), e a desnecessária viagem das equipes para estados diferentes (que aumenta os custos e dificulta o estabelecimento de parcerias, pois o cenário institucional do estado nem sempre era conhecido pelas equipes).