Een paar dagen nadat de oorlog eindigde, werd president Lincoln vermoord door John Wilkes Booth, een fervent voorstander van de Confederatie. Het Noorden was hierdoor zo geschokt, dat het niet van plan was om zich gul op te stellen tegenover het Zuiden. Op 17 april ontmoetten de twee generaals van beide partijen om verdere voorwaarden te bespreken. Sherman stelde vrij soepele voorwaarden op, omdat hij Lincolns wens wou nakomen. Lincoln wou namelijk dat de wonden die door de oorlog veroorzaakt waren, zo snel mogelijk geheeld zouden zijn. Dit kon alleen maar sneller gaan door niet al te veel voorwaarden en eisen te stellen. De voorwaarden die Sherman voorstelde, waren niet naar de zin van Secretaris voor Oorlog, Edwin Stanton. Hij vermoedde dat de regering van de Confederatie achter de aanslag zat. Dus mochten de eisen verstrengd worden.
Op 26 april moest Johnston en zijn 36 000 man tellende leger zich overgeven. Nu bleven er nog twee grote groepen soldaten over: een groep in Louisiana, geleid door generaal Richard Taylor en een groep in Texas, geleid door generaal Edmund Kirby Smith. Taylor gaf zich over op 4 mei en Smith op 26 mei. Op 10 mei werd de president van de Confederatie, Jefferson Davis, gevangen genomen.