Subreino Ficofitos o Ficobiontes Reino PROTOCTISTAS
División Euglenofitas
Clase Euglenofíceas
División Criptofitas
Clase Criptofíceas o Criptomonadáceas
División Dinofitas o Dinoflageladas
Clase Dinofíceas o Pirrofíceas
División Haptofitas
Clase Haptofíceas
División Clorofitas
Clase Clorofíceas
Clase Zignematofíceas
Clase Prasinofíceas
Clase Carofíceas
División Crisofitas o Heterocontofitas
Clase Cloromonadofíceas o Rafidofíceas
Clase Xantofíceas o Tribofíceas (+Eustigmatofíceas)
Clase Crisofíceas
Clase Bacilariofíceas o Diatomeas
Clase Feofíceas
División Rodofitas
Clase RodofíceasSubreino Mastigobiontes o Mastigomicotas
División Quitridiomicotas
Clase Quitridiomicetes
División Oomicotas
Clase Oomicetes
Clase HifoquitridiomicetesSubreino Mixobiontes o Mixofitos
División Acrasiomicotas
Clase Acrasiomicetes
División Mixomicotas
Clase Mixomicetes
Clase Protosteliomicetes
División Plasmodioforomicotas
Clase Plasmodioforomicetes
División Labirintulomicotas
Clase Labirintulomicetes
Subreino Protozoos
División Mastigóforos o Flagelados
Clase Fitomastigóforos(> Ficofitos)
Clase Zoomastigóforos
Clase Opalinas
División Sarcodinos
Clase Rizópodos
Clase Actinópodos
División Apicomplejos o Esporozoos
Clase Perkínseos
Clase Telospóreos
Clase Piroplásmeos
Clase Toxoplásmeos
Clase Haplospóreos
División Cnidosporas o Mixozoos
Clase Mixosporídeos
Clase Microsporídeos
División Cilióforos o Ciliados
Clase Kinetofragminóforos
Clase Oligohimenóforos
Clase Polihimenóforos
PROTOCTISTAS. Desde Aristóteles hasta mediado el s. XIX los organismos vivientes se consideraron integrantes de dos grandes reinos, «animales » y «plantas», aunque algunos seres unicelulares presentaban problemas para ser asignados a uno u otro reino. Entre estos cabe destacar a las euglenas, organismos móviles y fotosintéticos que aún hoy se estudian tanto en los tratados de botánica como en los de zoología. Por otra parte, las bacterias se incluían arbitrariamente en el reino vegetal. En 1866, Ernst H. Haeckel introdujo el término protista para designar estos microorganismos unicelulares elementales -los «primerísimos», según etimología griega- ya que, como se creía entonces, la materia orgánica se generaba espontáneamente. Con los protistas como tercer reino, se establecía una solución temporal para acomodar a los seres vivos intermedios entre animales y vegetales. Pero ya el mismo Haeckel reconoció la notable disimilitud entre protistas nucleados y protistas sin núcleo (bacterias y cianofíceas). En 1925, Edouard Chatton advirtió que la diferencia entre estas dos clases de protistas era más importante aún que la existente entre animales y vegetales, creó los términos eucariota, que agrupa a todos los organismos nucleados (incluyendo a animales y plantas), y procariota, para bacterias y cianofíceas. En 1956, H. F. Copeland, considerando que el grado pluricelular se había adquirido en momentos diferentes de la evolución biológica y que es muy tenue la línea que lo separa del grado unicelular, recuperaba y redefinía el concepto protoctista (creado por John Hogg en 1861 para agrupar a los vagamente definidos protozoos y protofitos) para designar tanto a las formas unicelulares eucariotas -los protistas nucleados de Haeckel- como a sus inmediatos descendientes pluricelulares. Evitaba así el término protista, asociado desde su origen a organismo unicelular. Totalmente desestructurada ya la división del mundo viviente en tres reinos, R. H. Whittaker propuso en 1969 un nuevo sistema de cinco: Monera, para bacterias y algas procarióticas; Protoctista, para protozoos, algas eucarióticas y hongos inferiores; Plantae, para los vegetales superiores (embriófitos); Fungi, para los hongos superiores; y Animalia, para los metazoos.