Partendo da qui, Malebranche costruisce un sistema filosofico fortemente teocentrico sorretto da forti motivazioni di carattere metafisico e religioso. La dualistica contrapposizione cartesiana di "res cogitans" e "res extensa" è in accordo perfetto con lo spiritualismo cristiano. L’errore è dato dalla volontà, non dall’intelletto (tesi questa prettamente cartesiana) quindi i sensi non hanno funzione conoscitiva, ma solo funzione pratica. Ma allora, come è possibile la conoscenza?

L’anima, che è separata da tutte le altre cose, ha una unione diretta ed immediata con Dio e, quindi, conosce tutte le cose mediante la visione in Dio. Secondo Malebranche, per esserci conoscenza ci deve essere l’"idea", ma non è necessaria la presenza della cosa "fuori di noi". L’idea non è altro che un contenuto mentale con un suo spessore ontologico. Noi conosciamo solo "idee", perché solo esse sono visibili alla nostra mente per se stesse, mentre gli "oggetti" che esse rappresentano restano invisibili allo spirito: "perché non possono agire su di lui, né presentarsi a lui". Tutte le cose che vediamo sono idee e solo idee.

A questo proposito vengono analizzate da Malebranche varie ipotesi.

1. Le idee vengono dai corpi stessi - questa è una teoria di origine peripatetica ormai logorata dalle varie interpretazioni della Scolastica divenuta con il tempo "rozza"; tale tesi, quindi, non è accettabile.
2. Le idee sono prodotte dalla "potenza" dell’anima - tesi non accettabile perché si ammette l’esistenza di un’anima "creatrice" di realtà spirituali.
3. Le idee sono innate - non si può accettare perché l’anima non è un ricettacolo di una "quantità infinita" di idee.
4. L’anima ha già in sé tutte le perfezioni che vede nei corpi - no, l’anima non contiene le perfezioni di "tutto il reale".
5. Noi conosciamo tutte le cose in Dio - questa è l’unica tesi accettabile.

Tutte le idee sono nella mente di Dio (il mondo delle idee) e le nostre anime (che sono spiriti) sono unite a Dio ( "il luogo degli spiriti"). Ciò non implica, e non può implicare, che noi conosciamo l’essenza di Dio; ciò che noi conosciamo lo conosciamo in Dio, pur senza conoscere Dio nella sua totalità e perfezione.

Concludendo, si possono distinguere quattro tipi di conoscenza:

1. la conoscenza delle "cose in sé stesse" - conosciamo solo Dio per sé stesso;
2. la conoscenza delle "cose nelle loro idee" - conosciamo i corpi nelle loro idee;
3. la conoscenza "per sentimento interiore" - così conosciamo la nostra anima;
4. la conoscenza "per congettura" - le anima degli altri uomini.

Dio si conosce per se medesimo (2), è comunque possibile darne una dimostrazione razionale: tale dimostrazione non è altro che una variazione dell’"argomento ontologico".

Se Dio è, è infinito e quindi Dio contiene tutto in sé, è tutto in tutto: è la presenza di ogni cosa nella sua immensità.

Dio è l’unica causa efficiente, quindi le creature sono soltanto occasioni per l’azione causale di Dio.

Tutte le attività dell’anima che ci sembrano causare effetti sul corpo sono, in realtà, cause "occasionali" che non agiscono se non per l’efficacia della volontà di Dio. Non v’è nessuna relazione di causalità tra un corpo e uno spirito, tra uno spirito e un corpo, tra corpo e corpo e tra spirito e spirito. L’importanza della dottrina occasionalistica sta in certe analisi sulla "non esperibilità" del principio causa-effetto. Certi esempi che illustrano quest’ultima idea ritorneranno pari pari nelle opere di Hume anche se riproposti su basi empiriche.

Le norme morali sono verità eterne come le verità geometriche; dunque l’essenza della moralità consiste nel riconoscere l’Ordine (immutabile di Dio), nell’amare l’Ordine, seguire l’Ordine ed obbedire all’Ordine. Non basta che le azioni umane siano conformi all’Ordine: esse devono essere anche motivate dall’amore per l’Ordine. Da qui deriva la distinzione malebranchiana tra:

• doveri - azioni conformi all’Ordine;
• virtù (unica) - amore dell’Ordine, cioè la carità.