2. ÆGTESKAB
Oktober 1795 til juli 1796 tilbragte Baggesen i Kiel sammen med sin familie. Derefter rejste han til København for at modtage udnævnelsen som viceprovst på Regensen den 8.juli 1796. Sophies skulle også have været med, men hendes helbred tillod det ikke, og i marts 1797 måtte han bryde op fra København og tage til Kiel. Der døde Sophie den 5. maj og Baggesen blev dybt ulykkelig. Han filosoferde meget og skrev kort efter Sophies død bl.a. "Man må ikke berøve stjernehimmelen den nat, på hvis baggrund den ene er synlig".
Baggesens sorg gjorde, at han rejste meget rundt. Han var bl.a. i Bern, hvor de to sønner, Carl og August, blev sat i pleje hos Sophies mor.
I maj 1798 tog han til Italien, hvor han skrev "Parthenaïs oder die Alpenreise", hvilken slog stærkt an i udlandet.
Den 7. september rejste han med sin svigermoder og sine børn hjem til Danmark. På rejsen kom han gennem Paris, hvor han traf en genferinde, Magdalaine Reybaz. Hendes fornavn var Francoise, men hun gik altid under kælenavnet Fanny. Hun var 25 år gammel og datter af en reformert præst, Etienne Salomon Reybaz. Baggesen giftede sig med hende den 28. juni 1799 i Paris. Ægteskabet var dog ikke helt vellykket. Fanny havde helt andre interesser end Baggesen, og hun havde mindst af alt lyst til at bo i Købvenhavn. Baggesen skrev i sommeren 1801 i et brev til Jacobi, at hans sidste egentlige forrykte handling var hans sidste giftemål.
I 1798 udkom hans værk "Erik Eiegod", og samme år blev han medlem - endda meddirektør - af Det kgl. Teater.
En ny digter viste sig i litteraturens verden, - Adam Oehlenschläger>. Baggesen syntes godt om den unge mand, og ved en afskedsfest i Drejers Klub testamenterede Baggesen Oehlenschläger "sin danske lyre", som han nu ikke selv ville slå mere. Det var i året 1800, lige inden Baggesen atter tog til Paris.