En los últimos años del siglo XI, un cristiano vasallo de Alfonso VI, Clemente Pérez del Castillo, y otros once caballeros, partiendo del norte y siguiendo aguas abajo el curso del río Rus, a unos ocho kilómetros de donde hoy está la ermita de Rus, construyen sus casas de labor fundando la villa de San Clemente, situaron la villa en tres emplazamientos distintos, cambiandolos a causa de pestes o malas cosechas, antes de establecerse en el llano espacioso del rio, de cuya rica vega aún hoy en día, sigue la gente haciendose lenguas, y cuyos hortelanos y sus productos, dejan en buen lugar a un rio, que fué famoso, ya que Cervantes, que pernoctó en la posada de Abajo, puso en boca de Sancho, el "voto a Rus", como si de una deidad se tratase. A nuestro rio, le cantan los poetas, lo veneran los romeros, y le alaban los geográfos, pero bien es cierto, que por el uso abusivo de sus aguas, los viajeros, tienen mucha dificultad para hallarlo. Aguas abajo de la ermita, los molinos agitaron sus palas, de ellos quedan sus ruinas y uno tiene un puente en un camino que alguien labró, que se va deshaciendo con los años para desgracia del pueblo; antes de entrar en el pueblo, los romanos construyeron sobre una calzada secundaria un puente precioso, cuya reconstrucción se está llevando a cabo, y aguas abajo al abandonar nuestro pueblo, queda otro medieval de gran porte y belleza, cuya reconstrucción urge y reclama por derecho.
Queda en la jurisdicción del señorio de Alarcón, perteneciente al Maestre de la Orden de Santiago Don Juan Pacheco, primer Marqués de Villena, quien la hace villa, concediéndole el titulo de villazgo el dia 3 de noviembre de 1445, documento que se conserva en el archivo del Ayuntamiento, reconocido posteriormente por Juan II y Enrique IV.
Los Reyes Católicos, al desposeer al Marqués de Villena de sus propiedades, por el apoyo que prestó a la causa de la Beltraneja, incorporan la villa de San Clemente a la corona, haciéndola de realengo y la visitan el día 9 de agosto de 1488 confirmándole los privilegios que anteriormente le habían otorgado.
Muy pronto comenzó
a adquirir preponderancia en los territorios manchegos, particularmente
por la maestría de sus artesanos espaderos. La riqueza y extensión
de sus labrantíos fueron atrayendo a nobles, hidalgos y, naturalmente
a los campesinos que ponían a su servicio, contando a mitad del
siglo XVI, con más de dos mil habitantes, la tercera parte de los
que tiene hoy ysiendo esta su época de mayor prosperidad. Quizá
las tierras eran de los Haro, alféreces reales, validos, señores
de muchos territorios que dejaron también sus nombres por estas
tierras, luego de la batalla de las Navas de Tolosa y cuyos escudos de
armas se dejan ver, por los tres pueblos más importantes de la Mancha
Alta o Montearagón, Belmonte, Chinchilla y San Clemente, que fué
su cápital.
Fijan su asiento en la villa, en casas de artisticas portadas rematadas por sus escudos de armas, las principales familias hidalgas de la comarca, cuyos nobles apellidos mencionan las Relaciones Topográficas. Se fundan hospitales el de Nuestra Señora de la Concepción y el de Santiago para mujeres pobres y el de San Sebastián para peregrlnos y mendigos. se levantan monasterios y conventos: de Franciscanos, del Carmen, de Trinitarias Y la Real Casa de Estudios de la Compañia de Jesús: se construye el Real Pósito, y establece en la Villa su residencia el Gobernador del Marquesado de Villena, con jurisdicción en ventiséis villas y dos ciudades, al que ayudan en su gobierno de la villa, un Teniente y veinte Regidores, que se esmeran , en celebrar las funciones sacras y profanas con el mayor lucimiento, por todo lo cual, se denominó a la villa de San Clemente la "pequeña Corte Manchega." Llegó a tener 250 escudos nobiliarios en sus fachadas, de los cuales quedan hoy unos cincuenta. Durante la guerra de sucesión, fue cuartel general del Duque de Berwich, mostrando con insignes hechos de armas su lealtad a Felipe V, quien la concedió el titulo de "Muy Noble, Muy Leal y Fidelisima Villa".
En la guerra de la Independencia, fue la villa de San Clemente muy trabajada por los franceses, sufriendo sorpresas, incendios y toda clase de padecimientos, teniendo un héroe casi legendario, Bibiano Hellin, al que cita Galdós en los Episodios Nacionales.
San Clemente es actualmente una población limpia, bien urbanizada y que se conserva fiel a sus tradiciones. Situada en la parte centro-meridional de la provincia de Cuenca, limtando con la provincia de Albacete, desdice la rutina de una Cuenca arriscada y serrana poblada de hoces y pinos, los paisajes son planos, el horizonte infinito y las suaves ondulaciones peladas, apenas si se astiban en la distancia; aquellos pinares y aquel apelativo cariñoso de "piñoneros", con los que conocieron otros pueblos a los lugareños de San Clemente, hoy casi quedan en el recuerdo de nuestros mayores, pequeñas manchas de orgullosos pinos, piden a gritos la repoblación y el auge de nuestros montes.
Es Arciprestazgo y cabecera de partido judicial, con poco más de seis mil habitantes, siendo su principal riqueza el viñedo, los cereales , la ganaderia y las industrias de ellas derivadas.
