En la actualidad, una vez finalizada la construcción de la nueva estación de ferrocarril de la ciudad, que provocó la destrucción de buena parte del yacimiento, se conserva aún una superficie importante del palacio imperial, que podría cuantificarse en algo menos de la mitad del núcleo principal de la zona palatina. En concreto, como se puede observar en la planta del yacimiento, contamos con un sector del palacio que abarca la mitad del trazado del criptopórtico y los edificios que lo rodean, desde el aula de recepción central (nº 1) hasta la sala poliabsidada situada en el extremo norte del criptopórtico (nº 5), a lo que habría que añadir el interesante edificio situado en el extremo oeste (nº 6) y la sala poliabsidada conservada al sur de la estación (nº 7).

La mitad del trazado del criptopórtico conservada, nunca afectada por las obras del ferrocarril, permanece prácticamente intacta, colmatada hasta la clave y preservando en su interior una secuencia estratigráfica que, según la información recuperada en el resto de su trazado, puede aportar datos de vital importancia para el conocimiento y comprensión de la evolución del yacimiento.

Por otra parte, es también muy importante tener en cuenta que, mientras que en el espacio ocupado por la estación las estructuras arqueológicas habían sido premeditadamente arrasadas en gran parte hasta la base de los cimientos y la estratigrafía prácticamente había desaparecido, en esta otra zona, actualmente conservada, el yacimiento se encuentra intacto, ocultando una información fundamental para su correcta y completa comprensión.

También se debe tener en cuenta las posibilidades museográficas y el estado de conservación con que cuenta el sector del yacimiento con que en la actualidad contamos: se conservan en muchos casos los pavimentos originales, algunos en mosaico, y parte de los alzados de los muros. Por su parte, tanto el criptopórtico como las galerías dispuestas en el extremo occidental del yacimiento permiten, gracias a su estado de conservación y a la precisión con que se conocen, una fácil y correcta restauración, ofreciendo, una vez se haya efectuado su excavación, un circuito de tránsito de más de cien metros completo hasta la bóveda.

Con independencia de su importancia histórica intrínseca, el palacio imperial de Cercadilla constituye, además, un nexo cronológico entre los más destacados vestigios arqueológicos -museados o museables- con que cuenta Córdoba: mientras que el templo romano de la calle Claudio Marcelo es hoy en día el mejor exponente de lo que llegó a ser la antigua ciudad romana, Colonia Patricia Corduba, el yacimiento de Cercadilla muestra el impacto que supuso para la ciudad la creación de un palacio bajoimperial y cómo la «cristianización» de la topografía de la ciudad en época tardoantigua transformó los antiguos espacios públicos, para, finalmente, enlazar con la floreciente Córdoba musulmana, magníficamente representada gracias a monumentos de la categoría de la Mezquita y de Madinat al-Zahra.

El sector actualmente conservado del yacimiento ha sido protegido por la Consejería de Cultura de la Junta de Andalucía mediante su inscripción con carácter específico en el Catálogo General del Patrimonio Histórico Andaluz, con la categoría de Zona Arqueológica (BOJA de 13 de Noviembre de 1997), mientras que el Ayuntamiento de Córdoba ha previsto en el Plan Parcial RENFE la delimitación del sector del yacimiento que podrá visitarse. En una zona inmediata se ha reservado también espacio para la creación del Centro de Interpretación de la Zona Arqueológica de Cercadilla.