Confirmadas la entidad y envergadura del yacimiento, a comienzos del mes de Diciembre de 1991 se reanudaron los trabajos de campo, con una nueva campaña de excavación intensiva que contó con un equipo de más de cien personas y que se desarrolló hasta Mayo de 1992. El espacio prescrito para esta fase abarcaba toda la "playa de vías" de la estación de ferrocarril, es decir, un pasillo de setecientos metros de longitud total y ochenta metros de anchura en el que estaba prevista la ubicación de la nueva estación. Este sector había sido seriamente afectado por las labores iniciales de soterramiento, durante las cuales se realizó el vaciado de toda su extensión hasta dos o tres metros por debajo del nivel de suelo original, hecho que mediatizó en gran medida la información arqueológica aquí recuperada. Coincidiendo con la conclusión de estos trabajos, las administraciones implicadas en la construcción del vial ferroviario prescribieron la reanudación de las obras y la conservación sólo de tres unidades constructivas concretas del palacio romano localizado: la mitad del trazado del criptopórtico situado en la "playa de vías" -extraído parcialmente y almacenado en dependencias municipales-, el aula de cabecera triconque situada entre la estación y una calle inmediata (la Avenida de América), y una cisterna localizada en el extremo Este del yacimiento, también extraída en bloques. En el mes de Diciembre de 1992, una vez iniciadas las obras de la nueva estación de ferrocarril, fue posible reanudar los trabajos de campo, a partir de ese momento concentrados forzosamente en los sectores del yacimiento conservados tras la construcción de la nueva estación. Poco más tarde, entre los meses de Junio a Noviembre de 1993, desarrollamos una de las más fructíferas campañas de excavación de las hasta ahora realizadas en Cercadilla, cuyo fin prioritario fue la comprobación de las hipótesis de restitución que hasta el momento habíamos esbozado siguiendo como criterio la reconstrucción por simetría. Fruto también de estos trabajos, fue la localización y excavación en extensión de la mayor parte del recinto termal del palacio, situado inmediatamente al Norte del gran aula central que preside la organización arquitectónica del gran conjunto palatino. Una nueva campaña de excavación arqueológica se realizó entre los meses de Junio y Septiembre de 1994, centrada en la investigación de lo que interpretamos como la zona residencial del palacio.
Entre la primavera y el verano de 1995 se llevó a cabo otra campaña, centrada en este caso en el extremo Sur del palacio, donde ha sido posible acotar un área de más de 500 m² en la que continuará la investigación en el futuro, para culminar con la puesta en valor de la zona.
En el mes de Julio de 1996 se llevó a cabo otra campaña de excavación arqueológica, como apoyo a las obras de consolidación del criptopórtico y centrada en la documentación de los niveles estratigráficos de su interior.
Indudablemente, las últimas campañas de excavación arqueológica realizadas en Cercadilla -en especial las centradas en la zona Norte-, son las que han proporcionado los resultados de mayor interés, ya que han permitido comprobar que el sector del yacimiento con que contamos en la actualidad presenta un estado de conservación y monumentalidad muy superiores a lo que conocíamos en la "playa de vías", hoy arrasada y ocupada por la nueva estación de ferrocarril. Fruto de la confirmación de la importancia de los vestigios conservados en Cercadilla, ha sido su inscripción con carácter específico en el Catálogo General del Patrimonio Histórico Andaluz, con la categoría de Zona Arqueológica (BOJA de 13 de Noviembre de 1997).
Hasta el año 2002 y desde 1997 ha estado en proceso de ejecución la excavación arqueológica del tramo del Vial Norte del Plan Parcial RENFE colindante con la Zona A de la Zona Arqueológica, previa a la ejecución del mencionado vial. De este proyecto se han llevado a cabo cinco campañas de excavación arqueológica, que han consistido en:
Por otro lado, desde el mes de julio de 1998 hasta Diciembre de ese mismo año, y de forma paralela a la excavación del Vial Norte, se llevó a cabo la excavación arqueológica de las Manzanas 1.10 y 1.11 del Plan Parcial RENFE. Esta intervención se realizó bajo los auspicios de la Gerencia de Urbanismo del Ayuntamiento de Córdoba, en colaboración con la Consejería de Cultura. Entre otras cuestiones, ha permitido documentar un edificio de época califal de gran importancia tanto por su estado de conservación como por su propia configuración arquitectónica, que ilumina aspectos hasta ahora poco conocidos de la arquitectura doméstica en la capital de Al-Andalus y del alto nivel de suntuosidad que llegó a alcanzar en los arrabales que rodeaban el perímetro amurallado de la ciudad. Este edificio será puesto en valor en un futuro próximo ya que, sobre sus restos se ha construido el hotel Maximiano Hercúleo, cuya edificación ha permitido la puesta en valor de esta parcela del yacimiento. Esta iniciativa de puesta en valor ha podido llevarse a cabo a propuesta de los dueños de esta propiedad y el apoyo de la Delegación de Cultura de Córdoba.
Entre los meses de diciembre de 2000 y febrero de 2001, se llevó a cabo una campaña de excavación de apoyo a la puesta en valor del criptopórtico de Cercadilla. La actuación se centró en el interior del edificio, continuando la excavación de los niveles sedimentarios de su interior comenzada en 1996. Así mismo se procedió a la apertura de un segundo corte, sobre el pórtico, que ha permitido comprobar el estado de conservación de la bóveda cañón, en pie en varios tramos.
Entre los meses de Julio de 2003 y febrero de 2004 se ha llevado a cabo la que hasta el momento constituye la última campaña de excavación, realizada como apoyo a la puesta en valor del yacimiento de Cercadilla. Dos de las áreas afectadas fueron dos de los taludes que lindan con las vías de ferrocarril, muy dañados por las escorrentías de agua de lluvia, por lo que amenazaban seriamente a las vías. Se ha intervenido puntualmente en la cabecera del gran aula basilical que preside el conjunto palatino, con la intención de hacerla completamente visible. Sobre la misma se han localizado dos casas califales en muy buen estado de conservación, con muros que, en algunos tramos, conservan más de 0,4 m de alzado, pintados a la almagra y decorados con franjas blancas. Las pinturas han sido consolidadas por la empresa de restauración GARES. La tercera área intervenida ha sido un pequeño sector del espacio termal. Esta excavación se ha realizado con la única intención de rebajar el terreno para permitir la circulación de personas en el circuito de visita del yacimiento, afectando principalmente a estratos sedimentarios de colmatación y de nivelación.
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