Samlade ungrarna 
 

När Rudolf emellertid med våld sökte undertrycka ungrarnas gamla frihet, ställde sig Bocskay i spetsen för dessa. Därigenom lyckades han också delvis försona sina mäktige vedersakare i hemlandet och kunde återvända dit 1604. Han förenade sig då med Bethlen Gábor och kunde, sedan han försäkrat sig om Turkiets bistånd, efter ett misslyckat försök fördriva den kejserlige befälhavaren Basta ur Siebenbürgen, varefter han i Maros-Szerda blev utropad till furste (21 februari 1605). Under oupphörliga strider med kejsarens ännu mäktige anhängare blev Bocskay 20 april samma år vald till furste även av ständerna i övre Ungern, och hans härar fördrevo därefter de kejserlige ur större delen av detta land. Bocskay blev då formligen erkänd av Porten såsom furste genom fördraget i Zsitvatorok och sökte därefter på alla sätt försoning med kejsaren. Under den inre oreda, som på denna tid rådde i Österrike kunde han, sedan ett av de kejserlige anstiftat farligt upprorsförsök i Siebenbürgen genom Stefan Rákóczis rådighet omintetgjorts, med kejsaren avsluta den ytterst viktiga freden i Wien 29 juni 1606. Bocskay erkändes däri såsom ”furste av det heliga romerska riket och av Siebenbürgen” samt erhöll dessutom betydliga delar av Ungern. Därjämte ordnades de inre förhållandena i Ungern och Siebenbürgen på ett varaktigt och för dessa länders frihet betryggande sätt. Denna fred, som än i dag är en grundval för den offentliga rätten i Ungern, har gjort Bocskay till en av detta lands nationalhjältar. Uppfylld av stolta förhoppningar och i förlitande på sitt goda förhållande till de ungerske och siebenbürgske magnaterna, förberedde Bocskay vidlyftiga planer på höjandet av sitt rikes maktställning, men bortrycktes av döden 29 december 1606. Samtiden trodde, att han blivit förgiftad av sin kansler, den österrikiskt sinnade Mihály Káthay, men en senare tids forskning har ej bekräftat detta antagande.