5X01	Unusual Suspects	Les bandits solitaires	16-11-97
5X02	Redux	Le complot	02-11-97
5X03	Redux II	La voie de la vérité	09-11-97
5X04	Detour	Détour	23-11-97
5X05	Christmas Carol	Emily (1/2)	07-12-97
5X06	Post-Modern Prometheus	Prométhée post-moderne	30-11-97
5X07	Emily	Emily (2/2)	14-12-97
5X08	Kitsunegari	Kitsunegari	04-01-98
5X09	Schizogeny	Schizogénie	11-01-98
5X10	Chinga	La poupée	08-02-98
5X11	Kill Switch	Clic mortel	15-02-98
5X12	Bad Blood	Le shérif a les dents longues	22-02-98
5X13	Patient X	Patient X	01-03-98
5X14	The Red and the Black	Le rouge et le noir	08-03-98
5X15	Travelers	Compagnons de route	29-03-98
5X16	Mind's Eye	L'oeil de l'esprit	19-04-98
5X17	All Souls	L'âme en peine	26-04-98
5X18	The Pine Bluff Variant	Les nouveaux spartiates	03-05-98
5X19	Folie à Deux	Folie à deux	10-05-98
5X20	The End	La fin	17-05-98

Unusual Suspects

Réalisateur : Kim Manners       Auteur : Vince Gilligan

L'origine des Lone Gunmen est expliquée dans cet épisode se déroulant en 1989.

Redux

Réalisateur : R. W. Goodwin       Auteur : Chris Carter

La parole de Scully quant à la mort de Mulder est mise en doute, tandis que certains éléments semblent indiquer que quelqu'un du FBI est responsable du cancer de Scully.

Redux II

Réalisateur : Kim Manners       Auteur : Chris Carter

Mulder tente de découvrir un moyen de sauver la vie de Scully dont les chances de survie semblent bien minces.

Detour

Réalisateur : Brett Dowler       Auteur : Frank Spotnitz

Un barrage routier amène Mulder et Scully à enquêter sur un prédateur invisible.

Christmas Carol

Réalisateur : Peter Markle       Auteurs : Vince Gilligan, John Shiban et Frank Spotnitz

Passant Noël chez son frère, Scully fait d'étranges rêves l'amenant à découvrir une petite fille ressemblant étrangement à sa soeur Melissa lorsque celle-ci était petite.

Post-Modern Prometheus

Réalisateur : Chris Carter       Auteur : Chris Carter

Mulder et Scully partent à la recherche d'un Frankenstein des temps modernes dans une ville dont les habitants rappellent étrangement divers animaux.

Emily

Réalisateur : Kim Manners       Auteurs : Vince Gilligan, John Shiban et Frank Spotnitz

Scully tente de protéger Emily des personnes responsables de la mort de ses parents adoptifs tandis que Mulder enquête sur son origine.

Kitsunegari

Réalisateur : Daniel Sackheim       Auteurs : Vince Gilligan et Tim Minear

Mulder et Scully tente de capturer Robert Modell, échappé de prison, avant que celui-ci ne se venge de Mulder.

Schizogeny

Réalisateur : Ralph Hemecker       Auteurs : Jessica Scott et Mike Wollaeger

Un adolescent est soupçonné d'avoir assassiné son beau-père.

Chinga

Réalisateur : Kim Manners       Auteurs : Stephen King et Chris Carter

Malgré le fait qu'elle soit en vacances, Scully se trouve au milieu de morts bizarres dont les victimes semblent s'être mutilées elles-mêmes.

Kill Switch

Réalisateur : Rob Bowman       Auteurs : William Gibson et Tom Maddox

Lorsqu'un éminent informaticien est tué dans un café sordide, Mulder et Scully partent à la recherche d'une nouvelle forme de vie, qui pourrait bien avoir sa résidence sur Internet.

Bad Blood

Réalisateur : Cliff Bole       Auteur : Vince Gilligan

Les explications de Mulder et Scully ne concordent pas lorsque ceux-ci doivent expliquer ce qui s'est passé lors d'une enquête sur de présumés vampires.

Patient X

Réalisateur : Kim Manners       Auteurs : Frank Spotnitz et Chris Carter

Mulder et Scully tentent de trouver ceux qui sont à l'origine de la mort de plusieurs groupes de personnes rassemblées afin d'observer des ovnis.

The Red and the Black

Réalisateur : Chris Carter       Auteurs : Frank Spotnitz et Chris Carter

Scully accepte de se faire hypnotiser afin de découvrir ce qui s'est passé lors de l'attaque qui a couté la vie à plusieurs personnes.

Travelers

Réalisateur : William A. Graham       Auteurs : John Shiban et Frank Spotnitz

En 1950, deux agents du FBI enquêtent sur une série de morts étranges.

Mind's Eye

Réalisateur : Kim Manners       Auteur : Tim Minear

Une jeune fille aveugle est soupçonnée de meurtre, mais Mulder refuse de croire en sa culpabilité.

All Souls

Réalisateur : Allen Coulter       Auteurs : Billy Brown et Dan Angel (Histoire de Frank Spotnitz et John Shiban)

Un prêtre demande à Scully d'enquêter sur la mort d'une jeune fille handicapée.

The Pine Bluff Variant

Réalisateur : Rob Bowman       Auteur : John Shiban

Le comportement bizarre de Mulder amène Scully à soupçonner celui-ci de ne pas travailler avec elle dans le but de démasquer une bande de terroristes.

Folie à Deux

Réalisateur : Kim Manners       Auteur : Vince Gilligan

Mulder et Scully enquêtent sur un homme qui prétend que son patron est un monstre - littéralement.

The End

Réalisateur : R. W. Goodwin       Auteur : Chris Carter

Une tentative de meurtre amène Scully et Mulder à enquêter sur un jeune garçon qui pourrait bien posséder la clef de tous les mystères des X-Files.