警戒音！ NERV的監視衛星發現了第十八使徒．龍 正朝戰場而來。
判明的交戰地點，卻是在離陸地120公里的海上。 所有戰術想定中最難搞的一項。 何況兩部EVA還得奔馳200公里才能趕到。
艦隊將以魔王號為兩部EVA的載台，載著EVA迎戰使徒。 NERV在空中哨戒的ESP報知說感應到亞當生體的“氣”。
對卡姆蘭和SEELE殘黨來說，這是最後一次機會，既已無法指揮潛艦(通訊設施被毀)，照情形判斷潛艦的生體控制機構也壞了，亞當的碎片活動一陣之後沒有生體控制機構的輔助，很快就會死亡。 所以必須儘可能利用之。 於是決定派出僅有的兩架SR-71進行N2轟炸。 國聯所有航空兵力一定正在和龍交戰，無法攔截之。
SR-103帶著12枚N2彈頭AAM出擊，以色列投入最後的12架薛曼巡航攻擊機，搭載的是改裝特製的對使徒用彈頭的大滿貫飛彈，NATO也派出16架搭載同型飛彈參戰。
此時，эШヵ被超重型飛行服壓得喘不過氣來，還得抱著一個大箱子。 SR-103是架“光坐著飛就累死人”的戰機，эШヵ被高G壓得連話都說不出來，很後悔自己指定要坐飛得最快的飛機。
第三新東京市，因EVA出擊而交通管制。
初號機抱著捌號機，當Ё⑦Ж的同步率達到250%時，光之翼展現，初號機仰天長嘯，瞬間垂直鑽升、失去了蹤影。
龍降在海蛇號的附近，海蛇索性裝死不動，艦長猜到SEELE潛艦的使徒招喚機構一定故障了，而對方自己還不知道。 果然，耶別巴哈聽到龍的叫聲，以為是敵人而發射反艦飛彈，結果觸怒了龍，被一舉擊成碎片。
龍很不滿意，本來以為亞當召喚牠來，牠可以歸回無有，結果沒碰到亞當，所以把氣出在看得到的這些小東西上。 海蛇不巧正好在牠視界裡。
好在，匿稱大魔的魔王號航艦載著EVA趕到了。 艦隊以自由號巡洋艦(艦長被撤換了)發起攻擊，貳號機的Buster Launcher和拾貳號機的長程正電子槍也輪流開火。 B.L的巨大砲彈簡簡單單地就擊穿了龍的AT Field，嚇了牠一大跳，牠仰天咆哮，露出了胸口鎧甲下的核。
雙方以正電子砲、800mm砲彈、口中發射的電漿球互相攻擊，最後龍眼見討不到便宜，起飛離去。 途中又挨了SR-103的四發N2飛彈。
牠飛到遠處後，回頭加速，打算再來一次超低空超高速震波攻擊，海水像摩西所經過的紅海一樣被一分為二。 拾貳號機負責展開AT Field防御，ヤЗロ將AT Field灌到巨砲砲彈上，擊出初速19800m/s的超強力砲彈，擊碎了龍的腳爪，但Buster Launcher也暫時故障了。
戰機群發動N2攻勢，迫使龍回到低空和EVA交戰，ヤЗロ準備再以AT Field斬迎戰。 тДЬ以NERV的權限下令使用戰略核子散彈攻擊。
初號機上升到12萬公尺高空的彈道軌道，航速換算成9.8馬赫。 而且進入自動導航後就不必一直維持高同步率，看來長途飛行是綽綽有餘。
龍接連挨了數枚N2飛彈、又被9枚1.2百萬噸威力核彈壓迫，來到了貳號機的攻擊範圍，慘遭ヤЗロ斬斷左翼！
使徒非常氣憤，墜入海中後潛到航艦下方，突然躍出、一口咬壞拾貳號機的正電子槍，然後三個巨型生物在航艦甲板上格鬥了起來。 龍最後硬是起飛成功，但貳號機抱著牠的脖子、雙腿夾住其軀體，不停以AT Field掌試圖攻擊其核。 龍最後突然來個空中煞車，把她甩了下來，一EVA一龍在港口玩起躲迷藏。
這時，ヤЗロ感到一股強大的力量出現，原來是初號機趕到了，帶給她無比的信心。 不過初號機必須先去解決SR-71，Ё⑦Ж在終末之戰時開發出新戰法，展開極微弱的AT Field，飛機可以衝得過，但是其震動就足以使其飛不下去了，於是飛行員被俘，將作為指控卡姆蘭的證據。
龍眼見情勢不利，很識相地逃走去養傷兼進化，以更強的姿態再來挑戰。
不過此時，NERV最關心的還是﹒﹒﹒終於又可以吃到Ё⑦Ж和яユ的料理了。 至於龍的問題，反正現在有初號機，算不了什麼。 國聯軍指揮官設計了一套毒辣無比的作戰，反利用龍來毀滅卡姆蘭，因此暫時隱匿俘獲對方飛行員的消息。
自殺炸彈攻擊、使徒誘導艦、在對使徒作戰時戰略轟炸國聯軍，卡姆蘭與SEELE勾結可說是眾人皆知的事了。 一旦被抓到證據，那就一切都完了。 NERV、美國、NATO計畫聯手製造大眾的恐慌，讓卡姆蘭成為世界公敵，等到時機成熟時再將證據釋出，就可一舉滅亡卡姆蘭！
此時，四架EVA迎戰使徒的戰術也佈置完畢。 大家用完Ё⑦Ж和яユ準備的豐盛大餐後，見兩人手牽手走進同一個帳篷就寢去了。
國聯對卡姆蘭提出無條件配合搜索的要求，但其實是拖延時間的手段，目的是等國聯軍完成進攻準備。 時機成熟時，美國向國聯提出對卡姆蘭施行使徒對策法之非常大權的爆炸性提案，隨之將被俘的飛行員曝光，於是國聯無異議通過剝奪卡姆蘭12國獨立權、逮捕所有其領袖的命令。
國聯軍大舉進攻，EVA用AT Field一舉清除同盟軍辛苦佈建的巨大地雷區，國聯陸軍毫髮無傷地攻進了卡姆蘭。
翌日，EVA佈好陷阱，啟動生體機構，招喚龍來到牠的死地。
龍以新形態出現，裝甲大增。 Buster Launcher的砲彈不停發射，由於採油的關係，此地地質空洞，因此連續的地震被巨大的砲彈衝擊給引發了，石油從裂縫中噴出，隨即被高熱引燃。
龍和EVA的戰場逐漸轉移的卡姆蘭的中樞：卡姆蘭市。 這也是這次作戰故意選定的。 但是Ё⑦Ж沒有練習飛行的機會，再說初號機是以飛行的力量而非飛行的靈巧見長，因此初號機在空中只能發揮牽制的作用，無法在空中與龍交戰。 但光之翼和龍的閃電噴焰照亮天際，使得同盟軍士兵士氣喪盡、陷入混亂。 NERV和國聯特遣隊空降突擊卡姆蘭市，逮捕了馬哈迪議長和SEELE的代表。
初號機在卡姆蘭市和龍交戰、貳號機用Buster Launcher狂轟，又給她搏得了混沌女神的封號。
至ヤЗロ對Dragon 續