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這部刊登於Green Gables的ReMix小說，以極度細密的設定和完美映射原著為其特色。該站其它主要小說有一共同特色：無厘頭搞笑。但是本作幾乎很少插科打諢，反而力求情節設定逼真、和原著在諸多設定和橋段情節上相互對照。作者為イギヂみ。
故事名稱為「REPLACE」，可能便是因為本作是以原作為基礎，將原作許多設定元素加以更改掉換所形成的作品。接下來便介紹本作之設定：
綾波яユ：「REPLACE」中的主人翁，稱冬月ヵヨМヨ為”爺爺”，為3rd
C.、初號機駕駛。從小被寄養在「山岸」家，養父母在第二次衝擊中失去親生女兒「山岸сщт」，因此把яユ打扮成和сщт一模一樣。這件事在第拾六話她的惡夢中、以及被困在яэリю的迪拉克之海中時的電車對話中揭露。藉此，作者巧妙地把原作中ヤЗロ的心理創傷：「母親看著我，卻又不是看著我」轉換到яユ身上，同時原作中яユ珍藏的厚邊眼鏡，也改設定為小時候以сщユ之姿生活時所戴的眼鏡。
第貳拾壹話「NERV，誕生」，揭露了NERV的秘密，也揭露了яユ真正的身世：她是六分儀ヴ⑦Эヨ和綾波щユ（真姓為「碇」，SEELE的叛離家族最後繼承人）的私生女，щユ死後被ヴ⑦Эヨ託請ヵヨМヨ寄人養育。
本作中的яユ活潑可愛，討人喜歡，被冬月召來第三新東京市後便與冬月、NERV保安部長加持эъヨЖ同住。和六分儀Ё⑦Ж有著若有似無的兩小無猜感情，在第貳拾壹話才察覺那是姐姐對弟弟天生的照護之情。
六分儀Ё⑦Ж：剛開始時映射原著中的綾波яユ：無感情、無關心。不過自從ロ⑥ю和яユ加入他的生活圈之後，Ё⑦Ж就穩定地愈來愈接近一般青少年了(雖然還頗有些差別)。NERV的1st
C.，駕駛零號機。
Ё⑦Ж和父親ヴ⑦Эヨ、作戰部長葛城тДЬ同住，和原著相同的是也擅廚藝，但是卻和原著的яユ一樣慣於以營養劑維生，因為父親和тДЬ很少在家吃飯，做一人份的餐點太不經濟。於是яユ自告奮勇每天做便當帶給他，而她在第12使徒之役後住院，出院第二天沒時間做便當，Ё⑦Ж竟然自動也多做一個便當帶來給她，於是兩人從此被同學們認定為班對。
第貳拾壹話中，同時揭露了Ё⑦Ж的正體，他是ヴ⑦Эヨ和Юレヵ的長子，Ё⑦ユХ的複製！在Юレヵ完成MAGI的當日病逝，ヴ⑦Эヨ痛悔自己從未珍惜Юレヵ對自己的感情、不珍惜自己的家庭，於是當日之後就失蹤了一個月，當冬月找到他時，發現ヴ⑦Эヨ竟然在這一個月內埋首在Central
Dogma，解析並使用先史超文明所遺留下來的動物複製機：人工子宮！原先他只想把Ё⑦ユХ帶回來，但是不久即覺悟這麼做並不對，Ё⑦Ж是Ё⑦Ж，永遠不會是另一個Ё⑦ユХ！
渚ロ⑥ю：德國來的2nd C.，駕駛黑色的貳號機，性格開朗愛說笑，和霧島сЮ為二年A班兩大毐舌。和原著中的ヤЗロ相對映的角色，但沒有對EVA的過份執著，也沒有討人厭的無禮傲慢。
冬月ヵヨМヨ：經由六分儀ヴ⑦Эヨ向SEELE舉薦，而成為ヴёю⑦/NERV的司令，個性剛直，有勇有謀，在NERV本部內亟負人望，雖出身學術科技領域，但對權力鬥爭和激勵士氣均十分拿手。
六分儀ヴ⑦Эヨ：極有才華和政治手腕的人物，為得到『東方三賢者』(赤木、冬月、葛城，這個詞好像是Green
Gables站長Anne發明的，原用來在他的作品中指Юレヵ、щユ和ワъヨヵ)的助力，而娶赤木博士之女Юレヵ，並投入冬月博士門下，後來認識щユ後又帶著她接受冬月的建議到南極去協助葛城博士，終於在SEELE的陷害下成為親手引發第二次衝擊的凶手！
以認識щユ為轉捩點、Юレヵ和щユ之死為契機，ヴ⑦Эヨ的人生哲學徹底從自私自利轉到為蒼生而戰。在第14使徒之役後，SEELE才發覺NERV的叛意，然而已經太遲了，因為在14年前щユ之死時，NERV就已是守護人類的最後堡壘了！
綾波щユ：從SEELE叛離的『碇』家最後血脈，為躲避SEELE的追蹤而自幼改姓。在大學時，假藉鬧事、指名學校教授(六分儀)來保的花招，接近了六分儀ヴ⑦Эヨ。其實六分儀家是碇家的支脈，這也是щユ找上他的原因之一。兩人不久發生了師生不倫之戀，並在遠赴南極時發現懷孕了，於是ヴ⑦Эヨ送她先回國，幸而逃過一劫。
第二次衝擊後，щユ在諏訪從事醫療工作。當她和ヴ⑦Эヨ意外重逢時，才對他吐露SEELE的秘密，但是她知道ヴ⑦Эヨ的心已經不再屬於她了，而自己利用他的行為也使她自己無顏再面對他。
兩人約定，當孩子生下來時，男孩就叫Ё⑦Ж，女孩就叫яユ。此次一別，即為永別。
щユ生下яユ後不久即去世了，ヴ⑦Эヨ央請學弟山岸收養了яユ。所以яユ才會把山岸的老師，冬月，當作爺爺。
六分儀эШヵ：NERV技術部長，ヴ⑦Эヨ和Юレヵ之女，和ロ⑥ю一同自德國轉調回本部。小時有戀兄情結，第二次衝擊時哥哥Ё⑦ユХ為守護她而死，於是她非常憎惡不把她母親當自己結髮之妻的父親ヴ⑦Эヨ。長大後和加持幾度交往，其實都有在他身上找尋哥哥Ё⑦ユХ的意識存在。後來終於締結婚約。
加持эшヨЖ：NERV保安部長，個性粗中有細，在反情報、保安作戰等方面無出其右。擔任яユ的監護人。
霧島сЮ：班上一個擅於觀察人事物的開朗女孩，對映原著中的ン⑦Зン。雖是女孩卻是軍事迷，因為父親是日本戰自航空部隊的軍官。
洞木ёロэ：父親也在NERV內任職，她曾被選為4th C.，差點在化為第13使徒的參號機之役中死亡。
SEELE：12000年前滅亡的先史超文明後裔所設立的組織，以導正歷史、不犯先史超文明人類所犯的大錯為使命。然而逐漸變質，利慾薰心，從而以利用先史超文明科技宰制人類為其目標，12宗族中只有碇家力圖反抗而被殲滅。
此外，第二次衝擊後幾乎化為凍土的美國，失去了實力，於是位於美國的SEELE宗族─福克瑟─也淪為傀儡。但由於美國和日本的關係比較密切，所以他們知悉(並且同情)NERV本部的密謀。藉著肆號機/北美第二支部消滅事件，亞倫．福克瑟違背SEELE首領羅倫佐的意旨，下令將參號機送往日本。可惜引發了第13使徒之役。
第二次衝擊：南極千禧基地在葛城博士的指揮下，利用解析自死海文書的程式進行先史文明的產物「亞當」的起動實驗，卻莫明奇妙地暴走，而倖存的葛城父女、ヴ⑦Эヨ努力試圖以反AT
Field程式消滅亞當，因為亞當是以純粹的AT Field物質化形成的，程式正確執行的話，亞當會自我解體、消失。然而他們在執行程式後才發覺程式被竄改了，反而將形成亞當的AT
Field全部以能源形式釋放出來！第二次衝擊於焉發生，最後南極只有ヴ⑦Эヨ和тДЬ逃脫。
事後在щユ的提醒之下，ヴ⑦Эヨ才發覺使亞當暴走、自毀失敗的，正是SEELE派來的人。
A-17：還記得火山溶岩之役嗎？當時人類補完委員會命令國聯發佈A-17狀況，加持提到『現資產的凍結』一語，這個意思是停止一切非軍事活動直到狀況結束。
在本作中，對A-17有更詳盡的定義，可說是同人小說界唯一一部細心到這個地步的。
在國聯跨國軍事準則中，以A到E定義行動之重要性，A級為最重要作戰；接下來第一個數字代表作戰種類，1為攻勢作戰；最後一碼代表緊急程度，7為最緊急狀態。八島作戰(第五使徒之役)之行動狀態為A-25(最重要
防禦作戰 緊急度5)。A-17效期僅有8天，因為此種狀態超過8天，就會導致世界經濟崩潰！
S2機關：以魂(Soul)為犧牲供品(Sacrifice)的機關。
初號機的秘密：щユ為了贖碇家之罪(曾為SEELE一員)，自願擔任和EVA同步實驗對象，故意和EVA溶合，以給予後人、女兒對抗SEELE的力量。當她和EVA融合時，AT Field發生、摧毀了控制室，血肉橫飛，當時冬月和яユ都在，這幕慘劇成為她內心創傷的一部份，是以她刻意封印這一段記憶，並拒絕再吃肉。
八島作戰：Ё⑦Ж和яユ初次心的交流，初號機(яユ)拼死為零號機(Ё⑦Ж)擋住使徒的炮火，遂於第二擊成功。Ё⑦Ж首次對外人(яユ)表達強烈的關懷(例如拼命把яユ搶救出滾熱的初號機插入栓)。
第八使徒之役：原本貳號機有F型裝備可耐超高溫超高壓，不幸在第六使徒之役隨運輸船沈入海底，是以用核戰D型裝備改裝後套在初號機上，由яユ出擊。當最後要沈下去時，ロ⑥ю驅著貳號機、以AT Field護身下去救她起來。
第九使徒之役：NERV緊急搶修地熱發電設施成功，三機被彈出到地表，從三方向同步攻擊殲滅使徒。
第十一使徒之役：ヴ⑦Эヨ把Юレヵ所留的MAGI秘技大全傳給эШヵ，然而自滅程式未能如期完成，本部自爆程序已經起動倒數。所幸被困在Central Dogma的加持以侵入者的邏輯思考，早一步想到使徒會來這一招，早把自爆裝置的線路拆除，挽救了Geo Front。
第十二使徒之役：為救回被яэリю吞沒的初號機和яユ，國聯投入了數百枚N2炸彈，和零號機、貳號機攜手殲滅使徒、救回了яユ。
第十三使徒之役：以先前對付第十一使徒的自滅程式殲滅之。零號、貳號機大破，駕駛重傷。SEELE命令NERV本部交出初號機以代替委員會損失的參、肆號機，冬月回NERV後下令準備與SEELE開戰，只是第十四使徒緊接著在5天後便來到了，比文書預言的提早了25日。
第十四使徒之役：初號機緒戰敗北大破，零、貳號機奮勇出擊纏鬥良久終因電源不繼而被毀，яユ為拯救他們而無意識地向母親求援，於是初號機暴走，壓倒性地殲滅了使徒。被同化的яユ，在初號機中和母親相遇，得知了SEELE和EVA的秘密，以及自己的身世。最後被Salvage帶回人世。