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1998年4月，南極的日本研究站發現了奇特的岩石，研究站把岩石樣本寄回國內研究，但海關為檢疫規定而暫時留置。 5月，南極有人染患了不明的熱病，6月第一名犧牲者出現了。7月，日本海關有人因類似感冒的急症而死，更有海關職員的兒女帶病到學校後造成大流行、學校被迫停課。 之後，這個疾病像野火燎原般燒遍全世界，疾病研究機構把這個致命率50%的恐怖疾病的禍首病毒稱作使徒，從南極取得的第一標本被定名為使徒A1型，又名「亞當病毒」，之後陸續發現各種變異體，從第三型「Дワリю」起，最後一共發現17型。除了因這個疾病本身死亡之外，社會、國際秩序蕩然無存，連熱核武器都被投入戰爭中，因瘟疫、戰爭和核子冬天之故，人類全體遭到了半數滅絕的打擊！ 1999年1月，NERV(新世紀保健機構)設立，取代WHO，以研究對抗使徒的疫苗為主要任務。4月，有效的疫苗終於開始量產，稱為EVA疫苗。 2000年3月，由於證實母體接種疫苗無法保護胎兒，使得流產率高達50%，國聯決定批准對胎兒也施打疫苗。 2001年1月，證實有部份胎兒會受到EVA疫苗的副作用影響，然而全體死亡率已經大幅下滑。3月，NERV內展開了研究EVA疫苗副作用的計畫。 以上是故事的背景設定。所謂的Children，在本作中是不幸受到疫苗副作用傷害的人，他們沒有人活得過14歲，個個白肌銀髮紅瞳。為了收容、保護這些Children，一般是成立集中保護區，讓他們在這些與世隔離的園地中渡過餘生，因為世人一看到他們，就聯想到病毒，因此如果他們和社會接觸，都會遭到歧視。 本作中的ロ⑥ю，是一個已經過世的Children，和яユ同一保護區，在他死前，已是紀錄中活得最久的Children了。 碇Ё⑦Ж是NERV日本支部兼「國際病理研究所」的資深科學家碇夫婦的獨子，父母是開發EVA疫苗的大功臣，而在看到受副作用之害的Children後，如今的工作乃是竭心盡力開發治癒Children、給予他們未來的治療方法。 ヤЗロ是蘭格雷夫婦的獨生女、Ё⑦Ж的青梅竹馬。蘭格雷夫婦雖是外國人，但是在這裡成立了安養中心，讓即將死去的人有個有尊嚴的最後時光，飽受當地人敬重。蘭格雷夫婦原本是碇夫婦的同事，後來退出後開了這家安養中心，很不被ヴ⑦Эヨ諒解，ヴ⑦Эヨ認為救活人第一，蘭格雷認為醫師的真正意義是醫治病人的心靈。為此兩人每次在兩家庭聚餐時常常吵了起來。 яユ是本作的核心人物。她有著連自己都不曉得的秘密在身。ロ⑥ю死後，她認為自己也時日無多了，所以要求母親－碇щユ的姐姐綾波ヤユ－讓她到不被拘束、能夠安心的鄉間去渡過僅剩的生命，於是從東京的世田谷保護區搬到Ё⑦Ж家來了。她小時後經常來，但是最近五年沒有來過。 奇妙的是，葛城тДЬ、赤木эШヵ、加持эъЖ這三個人同為學校的教師，佔的缺都是勉強塞進來的，這件事後來被ヤЗロ發覺了，她鍥而不捨地追查，發現了許多謎團，這三個人是有特別目的而被安插進來的。 NERV的政敵想要找NERV的把柄，加持是他們的棋子；赤木是NERV派來就近照顧яユ的，葛城的目的仍不明。 яユ的秘密，乃在於她的出生紀錄。加持發現她有兩套出生紀錄，中間相隔一年。他的推論是，NERV知道EVA疫苗不是隨機造成副作用的，而是對特定基因組合發揮作用，因此特別『製造』出生時間不同的雙胞胎，讓她們接受胎內疫苗施打。理論上只有百萬分之一的機會會產生Children，然而這兩個яユ都是Children，證實疫苗的副作用的確是『基因選擇性』的。更可怕的是，不知道NERV還藏有多少被當作這類實驗的Children。 綾波яユ，在第三新東京市迎接第１５歲生日，刷新了Children的壽命紀錄。 這部作品的特長在於淡淡的憂傷氣氛，讀來迴腸蕩氣。配合故事主線的陰謀發展，委實是部不可多得的平行世界類絕佳作品。
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